Nenad Puhovski rođen je u Zagrebu, gdje je diplomirao sociologiju, filozofiju i filmsku režiju. Svoj prvi, amaterski film snimio je s 15 godina. Kao profesionalni redatelj režirao je više od 250 produkcija u kazalištu, na filmu i televiziji. Od kazališnih radova najpoznatiji su Orwellova 1984 i Stoppardove Travestije, obje u zagrebačkom Teatru &TD, a od igranih filmova Bog igre, Groznica i Oblačno s kišom, svi snimljeni za TV Zagreb.
Ipak, Puhovski je najpoznatiji po dokumentarnim filmovima koji s jedne strane tematiziraju društvene probleme (Mrtva luka, Rubne slike gladi, Graham i ja, Paviljon 22, Lora - svjedočanstva, Zajedno), a s druge likovnu umjetnost (U potrazi za Šutejem, Pet filmova o Nives KK, Bućan - triptih). Iako su mnogi od tih filmova prikazivani u cijelom svijetu, u zemlji su imali neku vrstu dvostruke sudbine. Filmovi o socijalnim pitanjima često su bili zabranjeni, nisu bili prikazani ili su izazivali oštre javne napade (Mrtva luka bila je zabranjena više od 15 godina; Paviljon 22 još čeka televizijsko prikazivanje; zbog Lore su veteranske udruge tražile da Puhovski napusti zemlju...). S druge strane, filmovi o likovnoj umjetnosti dobili su najviša priznanja na domaćim i međunarodnim festivalima.
Godine 1997. Puhovski je osnovao FACTUM i producirao više od 70 dokumentarnih filmova prikazanih i nagrađenih diljem svijeta; između ostalog osvojio je i četiri nagrade za najbolju produkciju na Danima hrvatskog filma. Godine 2004. osnovao je ZagrebDox - najveći festival dokumentarnog filma u regiji, čiji je direktor. Osim Akademije u Zagrebu, gdje je pokrenuo novi dokumentaristički diplomski program, Nenad je predavao dokumentaristiku u mnogim školama u Europi, Aziji, Sjevernoj i Južnoj Americi, Srednjem istoku i Africi. Godine 2009. dobio je nagradu EDN-a za izvanredan doprinos razvoju europske dokumentarne kulture, a član je i Europske filmske akademije.
I bi veče, i bi jutro, dan sedmi, dokumentarni (s D. Tralićem, 1965)
Činča, dokumentarni (1972)
Telefonska govornica, igrani (1973)
Toyota Corolla 1000, igrani (1974)
Bog igre, igrani (1975)
Bijelo dugme, dokumentarni (1976)
Mrtva luka, dokumentarni (1976)
Podstanarska bajka, igrani (1978)
Groznica, igrani (1979)
Pet filmova o Nives KK, dokumentarni (1980)
U potrazi za Šutejem, dokumentarni (1981)
Televizijska Amerika, dok. TV-serija (1983)
U pozadini, igrani (1984)
Bućan – triptih, dokumentarni (1986)
Volonterske priče, dokumentarni (1987)
Rubne slike gladi, dokumentarni (1989)
Zagreb, grad muzike, dokumentarni (1990)
Oblačno s kišom, igrani (1991)
Vukovar, nepokoreni grad, dokumentarni (1991)
Dubrovačka ratna trilogija, dokumentarni (1991)
U spomen ratnih reportera, dokumentarni (1992)
Sarajevski svjedok, dokumentarni (1994)
Graham i ja, dokumentarni (1998)
Paviljon 22, dokumentarni (2002)
Lora – svjedočanstva, dokumentarni (2005)
Zajedno, dokumentarni (2009)
Generacija '68, dokumentarni (2016.)